Untuk dapat masuk ke Aplikasi Siskeudes, terdapat menu login user yang harus diisi dengan benar agar dapat masuk ke dalam Aplikasi Siskeudes. Tujuan login user ini adalah agar melindungi data dalam Aplikasi Siskeudes dan dipastikan diisi oleh user yang telah memiliki otorisasi.
Login User juga menunjukkan level otoritas dalam penggunaan Aplikasi Siskeudes, yaitu Level Operator (untuk pemerintah desa), Level Supervisor (untuk pemerintah kecamatan) dan Level Admin (untuk pemerintah daerah/DPMD).